U Bokokotorskom zalivu morska voda je najčistija na području  od Orahovca prema Perastu gdje nema većih naselja.

U ovom dijelu je mnogo manji pritisak sa kopna, a tu su i vrulje ili podvodni izvori slatke vode koji doprinose prirodnom čišćenju mora.

Takođe je morska voda u zalivu najčistija u dijelu Luštice preko puta Kumbora i područje zaliva oko Rosa.

Sve su to djelovi obale koji nijesu pregusto naseljeni, a čistoći mora doprinose morske struje, vjetrovi, talasi, objašnjava za Skala radio dr Aleksandar Joksimović iz kotorskog Instituta za biologiju mora.

Veće prisustvo morskih ježeva u Bokokotorskom zalivu, u posljednje vrijeme, jedan je od boljih pokazatelja čistoće mora, kazao je Joksimović.

Takođe, veliki priliv kiše u zimskom periodu predstavlja prirodni fenomen čišćenja zaliva.

Najpogubnije za čistoću mora i biodiverzitet u njemu je nekontrolisana gradnja, bacanje šuta i ostalog materijala u more, kao i prirodni odroni, kazao je Joksimović.

On vjeruje da će  završetak  kanalizacionog sistema kojim će se otpadne vode iz zaliva odvesti u otvoreno more i izgradnj  zajedničkog postrojenja za prečišćavanje otpadnih voda u bokeljskim opštinama, umnogome doprinijeti čistoći jednog od najljepših zaliva na svijetu.

Česte analize kvaliteta morske vode i monitoring vode, koje Institut radi za potrebe marikulture, pokazuju da do sada nije bilo nekih ekscesnih situacija i da je voda u granicama normale.

To znači da je morska voda u klasi vode  koja je pravilnicima propisana za sport rekreaciju i uzgoj morskih organizama, zaključio je dr Joksimović.