U Bokokotorskom zalivu morska voda je najčistija na području od Orahovca prema Perastu gdje nema većih naselja.
U ovom dijelu je mnogo manji pritisak sa kopna, a tu su i vrulje ili podvodni izvori slatke vode koji doprinose prirodnom čišćenju mora.
Takođe je morska voda u zalivu najčistija u dijelu Luštice preko puta Kumbora i područje zaliva oko Rosa.
Sve su to djelovi obale koji nijesu pregusto naseljeni, a čistoći mora doprinose morske struje, vjetrovi, talasi, objašnjava za Skala radio dr Aleksandar Joksimović iz kotorskog Instituta za biologiju mora.